Магистры могут быть востребованы как при проведении специальных палеонтолого-стратиграфических, так и общегеологических видах работ.
Специальные работы в палеонтолого-стратиграфических подразделениях университетов и научно-исследовательских институтов включают разработку стратиграфических схем разного масштаба (местные, региональные и глобальные); изучение различных групп ископаемых организмов (их морфологических особенностей, таксономического состава, филогении, истории развития, палеоэкологии, стратиграфического значения, закономерностей и характера эволюции).
Общегеологические виды работ в геологических организациях, геологоразведочных и добывающих фирм и компаний включают геологическую съёмку различного масштаба, которая не может обойтись без надёжной стратиграфической основы, а следовательно, без детальных палеонтолого-стратиграфических исследований. Расчленение разрезов, выделение стратиграфических подразделений, установление их границ создают более эффективные условия для проведения поисков и разведки полезных ископаемых (в первую очередь нефти, газа и угля).
Кроме того, магистры-палеонтологи могут преподавать дисциплины цикла «науки о Земле» в учебных заведениях, вести занятия в кружках юных геологов, на станциях юных туристов и т.п., работать в палеонтологических и краеведческих музеях.